家族企业由于特殊的企业人际关系，所以要面临一些别的企业所没有的问题。首先，便是用人问题。家族企业一般都用本家族的成员，尤其是企业的核心层上。但是，同时家族外部有很多的优秀人才，用他们可能会使企业得到更好的发展。于是，内亲与外聘便成为家族企业的一个两难问题。

其次，私产与公款问题。由于家族企业是私人创办的，所以企业的创办人往往把公司的的财产当私产。这可能会影响到员工的积极性，因为老板随便动用公司财产会使得他们的分红变少。第三，短期利润与长远发展问题。有的家族企业一赚即分，根本没有想到为企业的长远发展积累资金。